Sucedendo o rei D. José I ao seu pai, D. Joio V, o primeiro-ministro, Sebastião José de Carvalho e Melo, posteriormente conde de Oeiras e marquês de Pombal, protegeu as lojas maçónicas em Portugal face às penalidades inquisitoriais e submeteu o clero à autoridade da Coroa, tendo provavelmente ele próprio sido iniciado em Londres, em 1744, pelo príncipe de Gales, Frederico Luís, e admitido na Sociedade Real, agremiação cientifica mundialmente famosa, de origem e filiação maçónicas. Assim, reflectindo as doutrinas iluministas do despotismo esclarecido quanto ao primado do Estado, do esclarecimento cientifico e da tolerância social, Pombal submete a Companhia de Jesus ao controle da Coroa e transforma a Inquisição num instrumento político.Diversos diplomatas, intelectuais, aristocratas, docentes, industriais, comerciantes e clérigos eram iniciados em Portugal e em Inglaterra, a colónia britânica em Lisboa fundou em 1755 uma nova loja étnica não registrada, existente até 1762) e algumas lojas militares inglesas surgiram no Norte do Pais, devido a forte implantação britânica no comercio monopolista português do vinho do Porto durante as Guerras da Independência com Espanha em 1762. É neste período que a Coroa contrata o general alemão conde Frederico Guilherme Ernesto de Schaumburg-Lippe para coordenar e instruir as tropas portuguesas, sendo também um dos grandes responsáveis pela implantação da Maçonaria no exercito.
Na ilha da Madeira, no coração do Funchal, uma outra loja maçónica de mercadores ingleses foi fundada em 1767, sendo incessantemente perseguida pelo governo local e acusada em 1770 de liberalismo e heresia, provocando diversos exílios para Londres.
Em 1777, após a morte do rei D. José,, e da sucessão de sua filha, D. Maria I, o marquês de Pombal é afastados, e Diogo Inácio de Pina Manique torna-se intendente geral da Policia do Reino em 1780, penalizando especialmente a Maçonaria, readquirindo a Inquisição a sua plena autonomia anterior. A presença simultânea de mercadores, refugiados e militares ingleses conduziu ao estabelecimento de lojas maçónicas dentro dos regimentos de tropas auxiliares e subsequentemente registadas pela Grande Loja Antiga de Inglaterra. Devido ao endurecimento da vigilância policial, diversos viajantes, particularmente ingleses, assistiram a muitas reuniões clandestinas a bordo de navios estrangeiros ancorados no porto de Lisboa.
Foram feitas algumas detenções policiais de maçons ingleses com as suas famílias no castelo de S. Jorge , estas, causaram uma solicitação bem sucedida da Grande Loja de Inglaterra ao príncipe D. João (futuro rei D. João VI), regente da Coroa durante a loucura da rainha sua mãe. Foi a este retrocesso de reaccionarismo conservador, aliado à queda da burguesia pombalina, em substituição da antiga aristocracia de sangue, que se convencionou designar Viradeira.
Em consequência da irrupção de diversas revoluções liberais europeias (nomeadamente a francesa) e americanas no final do século XVIII, a burguesia capitalista portuguesa aproxima o seu eixo civilizacional rumo a França, lutando contra o absolutismo monárquico e lentamente substituindo as referencias culturais britânicas. Tal processo, iniciando uma nova conjuntura, teve os seus efeitos na maçonaria, dado que a Grande loja de Inglaterra apenas registava lojas nativas no estrangeiro, impedindo a iniciação de cidadãos portugueses e de estrangeiros de outras nacionalidades.
A constituição de novas lojas inglesas pelos súbditos britânicos Gordon, em 1798, e Burdwood, em 1803, a reunião maçónica anglo-tranco-portuguesa de compromisso realizada em 1797 a bordo da fragata Fénix, ancorada no rio Tejo (na qual foi fundada a primeira loja territorial nativa), e a contribuição decisiva do duque de Sussex, Augusto Frederico (filho do rei Jorge lll de Inglaterra e futuro primeiro grão-mestre da Grande Loja Unida de Inglaterra em 1813, que residiu em Portugal entre 1801 e 1805 num semi-exílio), para a independência maçónica portuguesa foram os últimos actos do imperialismo maçónico britânico fundador que abandonou Portugal através da partida dos regimentos militares ingleses, sucedido pela chegada de monárquicos franceses exilados e de tropas militares relacionadas com o Grande Oriente de Franca.
